「include利用前の準備」で説明したとおり、SSI利用時にはHTMLファイルの拡張子をサーバーの指定するもの（ロリポップ！
では「shtm」もしくは「shtml」）に変更しなければなりません。そのため、「htm、html以外の拡張子で、ちゃんと検索エンジンにインデックスされるの？」と不安に思われる方もいらっしゃるかと思います。結論から先に言いますと、shtm、shtmlでもしっかり検索エンジンにはインデックスされます。
cgi、phpといった拡張子のページは、「動的生成」と言い、フォームへの入力値や条件設定などで表示されるページの内容が変わってしまい、これらをインデックスしてしまうと検索エンジンの総インデックス数が膨大になってしまうため、インデックスされません。
しかし、shtm、shtmlといった拡張子のページは、外部ファイルからHTMLソースを読み込むものの、そのページ自体がアクセスする都度変化するものではないため、通常のhtmlと同様にインデックスされるようです。
SSIを利用したからといってSEO（検索エンジン最適化）の弊害にはなりませんので、存分に利用してください。